ИРБИС 64 версия 2013.1 установлен под Windows Server 2003 (русскоязычная версия). После выполнения «Создать словарь заново – полностью» для БД IBIS, формируется только лишь один словарь ключевых слов, в котором находятся ВСЕ термины поиска. Словари по всем другим видам поиска пустые. Более того в словаре ключевых слов видим
лишние символы.

Мы убедились, что неправильно формируются словари ibis.L01 ibis.N01

Словари формируются правильно. У Вас проблема с секцией [SEARCH] профиля пользователя - покажите INI-файл irbisc.ini

Вот наш файл. Подскажите что в нем не так?
P.S. ИРБИС 64 версия 2013.1 установлен под Windows Server 2003 (англоязычная версия) - ВСЕ РОБОТАЕТ НОРМАЛЬНО!

В таком случае:
Или у конкретного клиента (которого Вы показываете) используется оригинальный INI-файл для АРМа Каталлогизатор, в котором не в порядке секция [SEARCH]
Или в папке IBIS присутствует (созданный Вами) IBIS.INI

Система ИРБИС64 уставлена «чисто», т.е. без внесения каких-либо изменений. Клиенты не добавлялись. Входим от пользователя «1». После инсталляции ИРБИС64 словари БД IBIS, выглядят нормально, поиск нормальный, НО как только выполняем «Создать словарь заново – полностью», или модифицируем первую запись в БД IBIS – словари выглядят как на скриншоте . Поскольку под Windows Server 2003 (Eng) все работает хорошо, предполагаем что, наш Windows Server 2003 (RU) как-то «плохо дружит» с utf-8.
Конечно, не исключаются и другие причины. Будем искренне благодарны за подсказки.

Итак, проблема с формированием словарей все-таки существовала. С установкой обновления Irbis64_13_D3 все наладилось. Вопрос снят.