Итак, как и обещал, сообщаю о том, что было сделано по этому поводу в результате обучения.

Для хранения записей избранных документов было решено создавать в отдельной базе для каждого пользователя одну запись. А в этой записи делать несколько повторений поля, в котором указывалось, какие книги (шифр в базе) и из какой базы пользователь себе выбрал запись.
Алгоритм был реализован до стадии "Добавляется". На стадии удаления возникла проблема с тем, что URL для этой конманды должен быть очень длинным, поскольку нужно было перечислять значения всех повторений поля кроме удаляемого. Это не очень хорошо, да и не элегантно.
Пришли в результате к выводу, что в отдельной базе должна существовать отдельная запись на каждую избранную запись.
Этот алгоритм является наиболее оптимальным в данном случае. По крайней мере до тех пор, пока в шлюзе не появится команда на удаление конкретного повторения поля.

Что касается конечной реализации, то я ее доделаю. Когда-нибудь.