Здравствуйте.
Проблемма такая:
К WebIrbis подключена база из локальной версии стоящей на другой машине. На той машине настроены права доступа к этой папке. Подключаю сетевой диск. Через проводник осуществляется нормальный доступ со всеми правами, а вот webirbis не видит содержимое этого диска... Если на папке ставлю доступ для всех полный, то тогда всё нормально работает, но вот безопасность......
Может что-то надо в самом ирбисе настроить?

ничего в Ирбисе не надо настраивать. Просто он запускается от имени какого-то пользователя и как раз для этого пользователя должны быть разрешения. Возможно Вы просто не для той учетной записи ставили права.

А у Вас ПО сервера от имени какого пользователя запускается? Вот с этим именем он и "топает" к каталогу.