Здравствуйте, у нас стоит Irbis64 и вот какая проблема, не проставляются автоматически КСУ при переходе из комплектатора в каталогизатор(насттройки мы проставляем).Может быть мы не заполнили какаие-нибудь необходимые поля?

Советую обновить версию (после праздников, через группу договоров). Все должно работать. Пока в вашей ситуации попробуйте при входе в Каталогизатор вызывать настройку и выполнять Применить.