Подскажите, пожалуйста, почему данные со стр.КО переносятся в БД только в новых записях, а в дублетных нет? Файл переноса проверила. Может еще где подправить?

Докомплектование идет только согласно данным поля 910 (Экземпляры). Все остальные значения полей в двух базах данных "одинаковых" записей не синхронизируются.
А новые записи копируются полностью, поэтому и все остальные данные полей, а не только КО, передаются из БД CMPL в БД Книг.

Тогда вопрос к разработчикам. Можно ли сделать так чтобы все измененные поля при докомплектовании вносились. У нас много полей вводит комплектование, книгообеспеченностью занимается комплектование. В сконвертированной БД из EC4, нет некоторых полей, опять же вводит комплектование.

А почему бы отделу комплектования не "бить" данные в БД книг? Зачем делать ретрокаталогизацию в БД комплектования?

Карауш, как всегда, прав. Добавлю, что наиболее распрастраненный вариант работы - когда такого рода данные вводят каталогизаторы, и для частных вариантов мы изменения в своих решениях не делаем.