У нас такая проблема: первый экземпляр одного названия идет не на баланс, т.е. - брошюра и ставится отметка что это издание не принимается на баланс в кодах указывается , что это брошюра (98), как приписать второй экземпляр этого же названия , но принимаемого на баланс и являющегося книгой

Если часть брошюр идет на баланс, то вы не должны ставить признак "НЕ НА БАЛАНС" в количественных характеристиках. Здесь действует вариант при котором для КАЖДОГО экземпляра поступающего НЕ НА БАЛАНС надо поставить соответствующую отметку в поле "Сведения об экземплярах" (910^4). Т.е. издание в целом будет считаться как поступающее на баланс, и лишь отдельные поступившие экземпляры - нет.

Так, а если комплектатор сначала это издание записал как брошюру и в кодах , поле 900 установил код 98, а потом в другой партии прнинял ее как книгу и естественно 98 уже не ставит?
В этом случае это издание во всех партиях в КСУ идет как брошюра.

Не совсем понял проблему. Вас смущает что в листе КСУ будут указанны брошюры как поступающие на баланс? Если да, то не надо сводить с ума логичную технику смешивая вид документа как таковой с видом документа принятым для учетных целей. Книга есть книга, а брошюра есть брошюра. Если принято ставить на баланс часть брошюр они от этого книгами не становятся.
Или я что-то неправильно понял?

Проблема заключается в том, что экземпляр, который ставиться на баланс считается книгой, если же на баланс не ставиться, то издание считается брошюрой и в кодах ставиться соответствующий признак. Делов том, что одно и то же издание в зависимости от цены может ставиться или нет на баланс. Но признак брошюра будет устанавливаться для обоих экземпляров.

Значит я Вас понял правильно и в общем то ответил. Брошюра есть:
"Книжное издание объемом свыше 4, но не более 48 страниц" (ГОСТ 7.60-90. Виды изданий по объему),
а не
"экземпляр, который ставиться на баланс считается книгой, если же на баланс не ставиться, то издание считается брошюрой". Я прекрасно понимаю, что так считается в библиотеках, но отнюдь не в ГОСТе

В Дополнение к тому, что ответил М. Куделя.
Я думаю, что при поступлении не первого экземпляра брошюры, который должен ставиться на баланс (например, из-за его цены), Вам можно внести изменения в первоначальной записи - установите в КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИКАХ, что все издание идет на баланс, а для предыдущих экз-ров, введите помету в поле 910 "НЕ НА БАЛАНС".
Но в обоих вариантах в КСУ издание будет считаться как брошюра.