Рекомендую пользоваться форматом PDF/A. Не только из-за возникших проблем. PDF/A предназначен для долгосрочного архивного хранения электронных документов (базируется на описании стандарта PDF версии 1.4). Ключевой элемент лежащий в основе PDF/A, состоит в требовании, чтобы документы в формате PDF/A были на 100% самодостаточными.
См. статью в Википедии.
По решению проблемы появились идеи, реализация которых потребует времени.