Закончился учебный год. Хотелось бы как-то почистить базы. Какие-то студенты завершили учебу, какие-то книги удалили. Есть ли возможность почистить базы от мусора?

Если речь о работе в АРМе КО, то:

Для работы с книгами - есть режим удаления, есть пакетные задания по корректировке.
Для студентов, завершивших, определенных рекомендаций нет, т.к. все поступают по разному. Можно просто отметить их и удалить - глобальная корректировка, оператор DELR.
Можно скопировать их в некую архивную БД, а потом удалить.
Можно оставить их в БД, но удалить поле 90.
А можно ничего не делать, т.к., переведя их на несуществующий семестр, они не будут влиять на данные по ККО

Позволю себе добавить. Удаляя студентов из базы перед учебным годом и удаляя данные о книговыдаче (есть такая глобальная в АРМ Каталогизатор в БД RDR, которая позволяет удалить в 40 поле данные о возвращенных книгах) Вы должны тогда иметь в виду, что в конце календарного года статистическими формами для написания годового отчета Вы уже не сможете воспользоваться. Проблему с 40 полем (его надо чистить от лишних повторений т.к. иначе может подвисать книговыдача) обещали решить в следующей, 2016 версии. А вот с удаленными читателями ничего уже сделать нельзя.
Не очень понятно то, что Вы пишете про "какие-то книги удалили". Что значит удалили? Полностью списанные убрали из базы? Тогда может быть под "возможность почистить базы от мусора" Вы понимаете очистку баз от логически или физически удаленных данных? Для этого в АРМ Администратор (в Актуализации) есть режимы Реорганизовать файл документов (переводит логически удаленные записи в физически) и Реорганизовать файл документов с исключением удаленных (убирает удаленные записи полностью).