Тут скорее проблема в том, что большое количество самостоятельных доработок делают регулярные обновления и администратору-то проблемными, что у говорить о программе...
Самостоятельные есть мало у кого (если не иметь в виду настройки), а обновления при них, по-моему, вообще невозможны. Но это зависит от того, насколько доработки глубокие, то есть делаются "внутри" или "снаружи"...
У меня в основной ДБ где-то до сотни переиначенных файлов, не считая изменения в БД ББК, Авторитетном файле авторов, БД логов Веб-Ирбиса, БД Читателей, БД ВУЗ...