Есть ли для формата оптимизированный в АРМе Каталогизатор свой .pft файл? если есть то как называется, если нет то как его редактировать

ibisw.pft

Я меняла как раз этот файл и при этом изменения отображается в формате IBISW, а оптимизированном формате эти изменения не появились

Да. Извиняюсь. Для версии 5.1, если верить файлу pftw.opt, оптимизированный формат как таковой распадается на
Код РЛ Имя файла формата без расширения
J JW
NJ NJW
NJP NJW
NJK NJW
SPEC MN
ASP ASP
MUSP MUSP
AUNTD ASP
+++++ KN

где +++ - все прочие не перечисленные в первом столбце виды РЛ (в том числе и при отсутствии какого-либо кода)

Что такое оптимизированный формат, смотрите в теме "Часто задаваемые вопросы (FAQ)".

т.е. я могу испровить файл pftw.opt , поставив вместо KN IBISW

Ну вроде того, только лучше бы Вам править просто KN, а не IBISW

Принципиально можете, но изменения в версии 2004.2, уже реализованные во вложенных форматах (а форматы продолжают корректироваться), в IBISW.PFT могут и не отражаться.