Cистема структурированного хранения электронных документов, обеспечивающая надежность хранения, конфиденциальность и разграничение прав доступа, отслеживание истории использования документа, быстрый и удобный поиск. Источник: Wikipedia
Пересмотрел ресурс Install DSpace 5.x
Gibson особо не заморачивается на правами доступа к файлам и каталогам. Просто изначально создает пользователя dspace, наделенными правами суперпользователя (sudoers).
Поэтому все его cron-ы запускаются без проблем. Как он обходит проблему Permission Denied для tomcat непонятно?