Кирилл Евгеньевич, подскажите, где настраивается отображение по-умолчанию? Например, как сделать по-умолчанию показ оглавления?

Я нашла что-то в ji_main_form_show.php, но сомневаюсь...

Без такой настройки теряет смысл навигация от номера к аналитике, если читатель не догадается сам поставить галочку на оглавление.

Пожалуйста, обратитесь к разделу документации "3.4.4. Формат отображения библиографических записей и его профилирование"

Чтобы оглавление выводилось по умолчанию нужно установить для соответствующего элемента описания 'type'=>0