Здравствуйте. Начинали работать в Книгообеспеченности в Ирбис32. Перешли на ирбис64, 2014.1, обновления до D5. Теперь, например, при вводе новых дисциплин через иконку "Формирование справочников" все сохраняется во всех трех справочниках, но при заполнении КО в Каталогизаторе они не видны (новые дисциплины)! Точно так же и при вводе в КО Каталогизатора новых данных - они сохраняются, но при следующем открытии армов (Каталогизатора и Книгообеспеченности) новых данных нет. Остается только то, что вводили в Ирбис32. Почему так происходит?

А зачем вы создаете справочник дисципли? Вы прочитали в инструкции раздел "Первые шаги"?
"... при заполнении КО в Каталогизаторе они не видны (новые дисциплины)! " - при вводе новой дисциплины, действительно, ничего не подается, т.к. считается, что такой дисциплины еще нет. Справочник при этом не используется.
У вас два варианта:
1. Новые дисциплины не вводить в справочник, не тратить на это время, а вводить сразу в запись.
2. Вводить в справочник, но тогда его надо подцепить в РЛ ввода. Т.е. изменить режим ввода.