Здравствуйте. После перехода на новый семестр и заполнения кол-ва студентов (работаем без БД читателей). Не считает ККО, кол-во студентов 0. Что я делаю не так?

Не могу сказать.
А где еще не считает? Покажите другие варианты - когда в основном окне дисциплина, когда в нижнем окне БД каталога, режим "Вычислить ККО"....
Укажите версию и обновления.

Вот. Версия 2017.1

Нужно больше информации, чтобы понять, что у вас. Покажите любую из книг на рис 2 в окне полного описания. Надо видеть - какие контингенты в книге прописаны, посмотреть для этих контингентов в VUZ есть ли в их записях кол-во студентов.
Сами проследите цепочку: книга - контингент в поле 691 - этот же контингент в БД VUZ - кол-во студентов в поле 68^Z

Здравствуйте. После выполнения пакетного задания Вычислить ККО для текущего семестра
проследил цепочку книга - контингент в поле 691 - этот же контингент
в БД VUZ - поле 68. Результат в прилагаемом файле.

Не знаю.
Вы лучше эти записи, которые описали в файле (из каталога и из VUZ) экспортируйте и приложите.
А еще можно сделать такие связанные картинки как 11 и 22

Наши работники как-то так заполнили БД. Что-то они напутали... Но что?

Вы работаете с БД каталога не IBIS и не внесли имя БД в настройку. В этом случае все действия выполняются в БД IBIS.
Т.е. задайте в настройке имя БД каталога.