ИРБИС Версия 2015.1 (D2)
отражается удаленный контингент в дисциплине

А как вы удаляли? Если в правильном режиме, то в протоколе удаления д.б. быть сведения об удалении у студентов - пример 1. Проверьте протокол.

мы выполнили "создать словарь заново" и сейчас у нас нарушилась цепочка связки поля 90 студент (см. картинки), но не у всех. Сначала у части студентов появился нечетный семестр вместо четного,
мы через пакетное задание исправили и получили неправильную цепочку.

Не поняла - в чем неправильность? Последовательность подполей? это не имеет никакого значения.
Сам семестр не мог появиться. Вы что-то делали. Перевод?

проблема появилась после обновления D2 ИРБИС 2015.1

В чем проблема? В последовательности полей? Это не проблема.
В изменении семестра? Я ответила - значит выполнялись какие-то корректировки. Какие?