Столкнулись с тем, что значение счётчика &('SA') сбрасывается каждые 100 записей при выполнении глобальной корректировки.

С чем это связано? Можно ли отключить? Нужно, чтобы счётчик не сбрасывался.

&uf('SA') конечно же

Нет, этот счетчик нельзя использовать в глобальной как сквозной для всех записей. При каждой инициализации форматера он будет сбрасываться.
Для сквозной нумерации можно использовать только запоминание в базе данных. Для этого было предложено решение в 2015, см. релиз к версии 2015 - служба глобальных счетчиков.

Что такое инициализация форматера? Когда она происходит?

Т.к. глобальная выполняется порциями, то в начале каждой порции документов происходит инициализация форматера, т.е. очищаются все переменные.