Сервер запускается как приложение (irbis_server.exe). После запуска значок сервера появляется в трее и открывается окно "О программе". Возможно ли каким-то образом отменить появление этого окна или закрывать его автоматически?

Можно запускать irbis_server.exe как службу Windows. Тогда не будет появляться это окно и он будет запускаться самостоятельно. Как это сделать, можно прочитать здесь:
[forum.ru-board.com]

ИРБИС умеет из "коробки" запускаться как сервис. Если сделать по ссылке на руборд, то Windows автоматически пытается его остановить, поскольку приложение ничего не делает, а ждет своего "часа".
Хотелось бы окошко убирать средствами ИРБИСа, но видимо придется использовать автоматические скрипты типа AutoIt.