Если я удалю записи у которых все экземпляры списаны из БД каталога (воспользуюсь в Мастере списания режимом Удаление/перенос), то они у меня пропадут и из всех документов списания? Эти записи ведь будут логически удаленными и соотвественно в партиях списания их уже не будет? Т.е. я не смогу посмотреть никаким образом какие книги были списаны по той или иной партии?

Ответте пожалуйста! Нам надо принимать решение удалять ли экземпляры списанные полностью или оставлять.

Да, удаленные логически уже не попадут в выходные формы. Поэтому мы советуем сначала получить все формы, а потом уже делать удаление.
Аргумент в пользу "оставлять" - если эту книгу опять приобрели, то не надо опять вводить ее описание.

Мы вообще первоначально не думали удалять. Но у нас такое ощущение, что в Мастере списания между пополнением КСУ и информацией про наличие в базе таких вот кандидатов на Удаление/перенос проходит все больше и брльше времени. Т.е. наличие уже более 600 записей, у которых все экземпляры списаны тормозит работу. Но может быть мы ошибаемся и одно с другим не связано? Хотелось бы знать ускорится ли этот процесс если мы сделаем удаление? т.е. связано ли количество записей со статусом 7 и время, которое тратит Мастер списания на те операции, которые выполняет между пополнением/отказом от пополнения КСУ и следующим шагом (тем самым окном с вопросом)?

Процесс ускорится. Записи со статусом 7 участвуют и в пополнении, и в отборе-форматировании готовых на удаление записей. Если пополнение не ускорить (эти записи должны участвовать), то вторую часть ускорить можно, это будет сделано.