при пополнении записи КСУ в акте 38 и 41 почему-то не считаются брошюры в Максимальный инвентарный номер в партии написано Бр./80424 , а должно быть Бр./80474 (акт 38), и Бр./80534, а должно быть Бр./80564, я все проверила, и только в этих актах, перед этим все было нормально.
Экспорт документов прилагаю

Версия?
В вашем вопросе сразу три проблемы
1. Бр./80474 (акт 38) Это не реализовано. Рассматриваются след.структуры инв.номеров: букв.префикс-число, число-букв.суффикс, префикс-разделитель (-/\)-число, число. Ваши инвентари определяются как префикс-разделитель-число, эта структура и остается. Поэтому суффикс отбрасывается
2. В каком-то обновлении в программе было введено ограничение на кол-во инвентарей. Не объясняя причины, готова снять это ограничение, но это будет в D4 2015. Если надо раньше, то - мне на почту с картинкой интерфейса, чтобы я увидела в чем вы работаете. Из-за ограничения, часть инвентарей отбросилась
3. В ваших записях КСУ опустошено поле 88. Это была ошибка, которая исправлялась - из D2 надо обязательно взять cena.gbl. А вам надо проверить все КСУ на предмет пустого поля 88. Отобрать такие КСУ можно по запросу (свободный поиск в последовательном поиске):
v920: 'KSU' and v88^A=''

п.3 не совсем верный. В исходных записях есть поле 88, но при импорте оно пропадает. Проверили - наши файлы тут не причем, что-то с исходными файлами TXT.
Но главное, чтобы у вас в БД было все в порядке с полем 88.